Alt er gaet den forkerte vej for Owen, siden hans far blev uskyldigt dømt for en forbrydelse og derefter døde i fængslet. Monroe skolens IT-ansvarlige kan maske hjælpe Owen med at fa renset hans fars navn og fa opklaret, hvad der egentlig skete. Monroe har nemlig faet fingre i en maskine, som gør det muligt at udforske folks genetiske minder.
Ved hjælp af maskinen bliver Owen ført tilbage til et minde, som ligger i hans DNA: optøjerne i New York City i 1863 under den amerikanske borgerkrig. Her far han nys om et meget kraftfuldt relikvie fra en urgammel civilisation. Et relikvie som to hemmelige organisationer Assassinernes Broderskab og Tempelridderordenen vil gøre hvad som helst for at fa fat i. Owen ma klare sig i New Yorks voldsfyldte gader, og hvis han skal redde livet, ma han finde relikviet før assassinerne og tempelridderne.