Klockan tre pa morgonen gör säkerhetspolisen och terroristpolisen tillslag mot ett antal familjer i en Stockholmsförort. Ett femtiotal personer grips och transporteras bort. De gripna far ingen vetskap om vad de är misstänkta för. Men nästa dag exploderar nyheten att "al-Qaida i Sverige" har oskadliggjorts och att landet räddats fran den största katastrofen nagonsin. Nio personer häktas som terrorister och därefter utbryter den stora tystnaden. Ingen vet vad som sker i polisutredningen.
Polisintendent Ewa Johnsén-Tanguy, som är förhörsexpert pa Ekobrottsmyndigheten, far till sin förvaning ett helt nytt jobb, att leda förhören med de misstänkta terroristerna. Därmed förändras hennes liv, bland annat innebär det att vänskapen med journalisten Erik Ponti utsätts för svara slitningar. I kriget mot terrorismen hamnar Ewa Johnsén-Tanguy och Erik Ponti pa helt olika sidor.
Jan Guillou gör i romanen Fienden inom oss upp med de lagar som sägs vara avsedda att skydda demokratin men som skadar den betydligt mer än terrorismen gör.