L'œuvre de Nietzsche est essentiellement une généalogie critique de la culture occidentale moderne et de l'ensemble de ses valeurs morales (issues de l'interprétation chrétienne du monde), politiques (la démocratie, l'égalitarisme), philosophiques (le platonisme et toutes les formes de dualisme métaphysique) et religieuses (le christianisme). Cette critique procède d'un projet de dévaluer ces valeurs et d'en instituer de nouvelles dépassant le ressentiment et la volonté de néant qui ont dominé l'histoire de l'Europe sous l'influence du christianisme ; ceci notamment par l'affirmation d'un éternel retour du même et par le dépassement de l'humanité et l'avènement du surhomme. L'exposé de ses idées prend dans l'ensemble une forme aphoristique ou poétique.
Peu reconnu de son vivant, son influence a été et demeure importante sur la philosophie contemporaine de tendance continentale, notamment l'existentialisme et la philosophie postmoderne ; mais Nietzsche a également suscité ces dernières années l'intérêt de philosophes analytiques, ou de langue anglaise, qui en soutiennent une lecture naturaliste remettant en cause une appropriation par la philosophie continentale jugée problématique.
C'est à partir de 1886 que Nietzsche exposera de manière plus ordonnée le résultat de ses recherches, en tant que méthode généalogique, en particulier dans Par-delà bien et mal, et sous forme de dissertations dans la Généalogie de la morale. Des éléments de cette généalogie sont toutefois déjà présents dans Humain, trop humain (par exemple, les différentes origines de la morale, ou le caractère de palliatif, et non de remède véritable, de la religion) et dans Aurore (la moralité des mœurs comme source de la civilisation, ou encore le sentiment de puissance qui guide l'homme jusque dans la morale).
Ces résultats peuvent être résumés grâce aux expositions schématiques que Nietzsche lui-même en a faites. Ainsi, à la question sur l'origine de la morale, il répond que toutes les valeurs morales se ramènent à deux systèmes d'origine différente : la morale des faibles et la morale des forts. Le terme origine ne désigne pas ici l'apparition historique de ces systèmes, mais le type de création dont ils sont le résultat, si bien que l'origine, au sens de Nietzsche, est ce à partir de quoi l'histoire se détermine, et non un événement quelconque de l'histoire universelle.
Pour parvenir à ce résultat, Nietzsche a procédé à une généalogie comportant plusieurs moments, exposés dans la première dissertation de la Généalogie de la morale : il a recherché dans le langage les premières expressions de ce qui a été jugé bon ; puis, suivant l'évolution du sens des mots bon et mauvais, il a montré le processus d'intériorisation de ces valeurs dont la signification était tout d'abord principalement matérielle ; enfin, remontant d'une évaluation morale donnée à ses conditions d'expression, il a distingué deux manières fondamentales de créer des valeurs morales.
Le point de départ de la méthode généalogique est linguistique : se posant la question de l'origine de la morale, Nietzsche demande : où trouve-t-on les premières notions de bon et mauvais, et que signifient-elles ? Écartant l'interprétation utilitariste, Nietzsche met en avant que ce sont les aristocrates de toutes sociétés qui se sont désignés en premier lieu eux-mêmes comme bons, et que ce terme, d'une manière simple et spontanée, désigne la richesse, la beauté, les plaisirs de l'activité physique, la santé, en un mot, l'excellence. Le mot bon désigne ainsi les hommes de la caste la plus élevée, celle des guerriers. De ce fait, il ne désigne pas ce que nous entendons par là aujourd'hui, en particulier, un bon n'est pas un homme altruiste, charitable, accessible à la pitié.