Owen élete fenekestül felfordul, amikor apja, akit a fiú meggyzdése szerint ártatlanul ítéltek el, meghal a börtönben. Monroe, a fiú iskolájának informatikusa felajánlja neki, hogy egy Animus használatával lehetvé teszi Owen számára, hogy tisztázza apja nevét. Az eszköz segítségével ugyanis feltárhatja a saját DNS-ében rejl genetikus emlékeket.
Ám Owen nagyobb fába vágta a fejszéjét, mint hitte. A szimuláció alatt ugyanis felfedez egy si és nagy hatalmú, rég elveszettnek hitt relikviát az Édenszigonyt. Két rivális titkos szervezet, az Orgyilkos Testvériség és a Templomos Rend semmitl sem riad vissza, hogy megszerezze ezt az ereklyét. Owen számára hamarosan nyilvánvalóvá válik, hogy csak úgy menekülhet meg, ha találja meg elször a Szigonyt.
Monroe irányítása alatt Owen és néhány másik fiatal egy olyan szimulációba lépnek be, amely a DNS-eikben lév közös emlékeken alapul: az 1863-as New York-i felkelés idejébe térnek vissza. Owen és társai súlyos kihívásokkal kerülnek szembe a forrongó város utcáin, ott megélt tapasztalatiknak pedig hosszú távú következményei lesznek a jelenben.
A többszörösen díjnyertes Matthew J. Kirby trilógiájában egy az Assassin's Creed világában játszódó teljesen új történetet ismerhetünk meg, amely szorosan illeszkedik a kánonba, számtalan utalással a játékokra és a decemberben mozikba kerül filmre.