"Den som far kännedom om att människor bryter mot karantänslagarna är skyldig att anmäla detta. Tag ditt ansvar som medborgare! Ring 112 och meddela omgaende all information om brott mot undantagslagarna!"
Under natten har en militärjunta tagit makten i landet och nu införs stränga tvangslagar för att bekämpa den pandemi som sätter skräck i befolkningen.
När John,15, springer hem den här eftermiddagen är gatorna fulla av militärfordon. Han oroar sig för sina föräldrar som ligger sjuka i sovrummet och han kommer lagom för att se hur de knuffas in i en jeep och förs bort.
Redan samma eftermiddag stängs John in bakom elstängsel pa den slutna internatskolan Hallbyhov där han blir tilldelad en sovplats bland hundratals andra instängda barn och ungdomar. Han förstar snart att de alla är försökskaniner i Radets ambition att sa snabbt som möjligt hitta botemedel och vaccin för att skydda befolkningen mot den nya smittan.
Ganska snart inser han ocksa att om man inte ska brytas ner av injektionerna finns bara en sak att göra: att försöka ta sig därifran.
Tillsammans med den 13-ariga Minna och hennes lillebror Oskar lyckas han med det ingen av de inspärrade ungdomarna klarat förut. Men pa andra sidan om Hallbyhovs stängsel upptäcker de att det mesta har upphört att existera. Var finns deras föräldrar? Kommer de nagonsin att fa träffa dem igen? Och varför är husen de passerar övergivna eller nerbrända?
I Johns huvud växer en plan fram: att de pa nagot sätt ska klara sig förbi vägspärrar och drönare och ta sig ut till ön där hans familj har ett hus. Men Minna hostar och blir alltmer labil. Är det injektionerna pa Hallbyhov som haller pa att knäcka henne? Och finns det verkligen plats för förälskelse när man balanserar pa kanten till en avgrund?
"Alla försvann vi blev kvar" är en dramatisk berättelse med hög spänningsfaktor om att leva under hot och att söka styrka i nära relationer.