Det er aldrig sket før, at en regering i Danmark har hjemsendt sin spionledelse og givet Politiets Efterretningstjeneste lov til at døgnovervage chefen for Forsvarets Efterretningstjeneste i et ar for derefter at anholde, fængsle og tiltale ham og den tidligere forsvarsminister for landsskadelig virksomhed.
Senere er sagen faldet til jorden, fordi Højesteret krævede abne døre og bekræftede landets største statshemmelighed gennem artier hemmeligheden om et dansk-amerikansk kabelsamarbejde.
I De aflyttede fortæller journalisten og forfatteren Hans Davidsen-Nielsen hele historien om, hvordan det kom sa vidt, og hvordan han selv som "journalist E" i anklageskriftet blev en ufrivillig del af det, der i dag kendes som FE-sagen.
Foruden beretningen om selve sagen rummer bogen interviews med blandt andre Lars Findsen, Claus Hjort Frederiksen og hidtil ukendte hovedpersoner, som har faet deres liv forandret for altid.