Datasystemet Ghost Shell har hamnat i fel händer. Det är dessutom inte helt färdigutvecklat och risken finns att systemet kommer säljas till högstbjudande terroristorganisation sa fort det är klart. Agenten Sawyer Branson har fatt i uppdrag att stoppa fienden och förhindra en katastrof. Till sin hjälp har han ett forskarteam med snillet Megan Fuller i spetsen, som jobbar dygnet runt för att skapa ett motmedel mot Ghost Shell. Men efter flera bakslag star det klart att nagon i teamet saboterar arbetet, och snart hotas Megan till livet. Sawyer far fullt upp med att skydda henne och se till sa att hon far arbetsro. Alltmedan fienden kommer närmare ...