Le roman, écrit à la première personne, décrit la rencontre du narrateur avec un jeune homme surdoué, étudiant au collège des oratoriens de Vendôme grâce à la protection de Madame de Staël. Absorbé par ses études personnelles, Louis reste à l'écart des autres. Il est souvent l'objet de railleries et de brimades.
Parmi ses lectures, on retrouve Swedenborg, dont les théories apparaissent encore dans Séraphîta.
Le jeune homme est un génie dont ses professeurs ne comprennent pas la soif d'absolu, car ce génie passe pour fou auprès de tous, excepté Pauline, sa femme, qui prend soigneusement note de ses pensées et les réunit dans le Traité des volontés qu'il n'a pas eu le temps d'achever.
Résumé : Séraphîta
Dans un château de Norvège situé près du fjord Stromfjord, Séraphitüs, un être étrange et mélancolique, semble cacher un terrible secret. Il aime Minna et il est aimé d'elle, qui voit en lui un homme. Mais Séraphitus est aussi aimé par Wilfrid, qui le considère comme une femme, Séraphîta.
En réalité, Séraphitüs-Séraphîta est un parfait androgyne, né de parents acquis à la doctrine de Swedenborg, qui vise à transcender la condition humaine et dont Séraphitüs-Séraphita est l'exemple parfait. Immensément érudit, doué de facultés mentales dépassant celles du commun des mortels, il mène une vie solitaire et contemplative. Mais cet être quasi céleste rêve de connaître l'amour parfait, celui qui consiste à aimer conjointement deux êtres de sexes opposés.
Finalement, sous les yeux effarés de Minna et Wilfrid, l'« être total » se transforme en séraphin et monte au ciel.