En mars 1985, Pierre Loti (1850-1923) reçoit l'ordre de rejoindre l'escale de l'amiral Courbet qui participe à la campagne de Chine. Il est alors appelé à faire des séjours au Japon, notamment à Nagasaki où il contracte un mariage avec une jeune Japonaise de 18 ans : Okané-San, baptisée Kikou-San, soit Madame Chrysanthème. Il s'agit d'un mariage arrangé. Cette pratique curieuse, qui s'avère coûteuse pour l'étranger, est alors courante au Japon.
Cette union, à laquelle les parents ont donné leur consentement, a été arrangée par un agent et enregistrée par la police locale. Elle ne dure que le temps du séjour et la jeune fille pourra par la suite se marier avec un Japonais. Dans sa préface, Pierre Loti précise : " Bien que le rôle le plus long soit en apparence à Madame Chrysanthème, il est bien certain que les trois principaux personnages sont Moi, le Japon et l'Effet que ce pays m'a produit."
De fait, ce roman raconte plutôt des tableaux décrits, une galerie de portraits, des scènes de vie à Nagasaki. Et la ville est bien l'un des personnages principaux de ce récit.