Depuis qu'elle travaille pour le Centre de Recherches Appliquées aux Brèches, Anaxia a l'habitude de chercher les transfuges égarés pour les ramener dans leur univers d'origine. Mais quand la faille entre les deux mondes s'ouvre ce jour-là, c'est un crime sanglant qui l'attend à Bruxelles. Sur Austris, la transfuge décède. Sur Akilon, elle a pris la fuite, poursuivie par son agresseur. Appelés à la rescousse, Flamel et son alias Flavien Baylec vont mettre leur savoir-faire de hackers mercenaires à la disposition du CRAB. Avec Anaxia, ils se mettent en quête de la femme disparue, conscients qu'ils devront se rapprocher de l'assassin pour parvenir jusqu'à leur cible commune. Bientôt l'enquête se déplace au sein de l'industrie pharmaceutique et de laboratoires de thérapie génique. Les enjeux prennent de l'ampleur, les risques encourus également. S'en sortiront-ils tous indemnes ? Dans le multivers, toutes les issues sont possibles.
Manipulations clôture la trilogie des aventures de Flamel et Anaxia, commencées dans Parallèles (2013, réédité en 2017) et poursuivies dans Black-Out (2015).