Vid tolv ars alder hamtades han fran barnhemmet till att fostras i ett topphemligt program, designat for att trana upp yrkesmordare i landets tjanst. Evan Smoak blev Orphan X. Nu anvander han sin kunskap for att radda dem som ingen annan kan radda. Men det forflutna hotar komma ikapp honom.
Nagon forsoker sopa undan sparen av Orphan-programmet genom att doda alla som overlevt. Evan maste sla tillbaka. Hans maltavla ar den man som en gang startade programmet och som nu ar den mest bevakade personen i varlden: USA:s president.
Presidenten vet att for att vinna over Evan Smoak maste han svara med samma mynt, och vander sig till den forsta rekryten i programmet: Orphan A. Medan Evan anvander all sin skicklighet for att komma nara presidenten maste han aven skydda sig sjalv fran sin dodligaste rival. Det ar Orphan vs. Orphan, med landets - och kanske varldens - sakerhet pa spel.