För 12 ar sedan försvann den da 18-ariga Matilda Frimansson sparlöst. Trots att polisen för länge sedan lagt ner fallet, vägrar hennes mamma Linn acceptera att dottern är död. Hon ber sin nyfunne vän, den pensionerade fängelseprästen Johannes Brobeck, om hjälp att hitta Matilda. Kriminalkommissarie Fatima Wallinder, nyligen tillbaka efter sin föräldraledighet, far kort därefter ett mejl som hotar hela hennes existens. En efterlyst krigsförbrytare, kusligt lik hennes egen sambo, befinner sig i Sverige. Ett mystiskt telefonsamtal till Johannes förbryllar polisen. Finns det en koppling mellan krigsförbrytarens kriminella nätverk och den försvunna Matilda Frimansson? Har Matildas mamma verkligen berättat allt? Johannes närmar sig sanningen utan att första vilka risker han utsätter sig för.
Ondskans spar är den sista delen i trilogin om fängelseprästen Johannes Brobeck och den attonde boken om Fatima Wallinder, Sören Högström och deras kollegor vid länskriminalen i Göteborg.