En mørk nat i ar 1901 lægger et skib til pa den lille, idylliske ø Mingheria mellem Kreta og Cypern. To personer gar i land: kemikeren Bonkowski og hans assistent, doktor Ilias. De er sendt dertil af sultanen for det osmanniske rige for at stoppe et pestudbrud, men da de bliver taget imod af øens guvernør, Sami pasa, far de at vide, at der under ingen omstændigheder er sygdom pa hans ø. Det gar hurtigt op for dem, at de er sendt pa en mission, der bliver bade sværere og farligere at udføre, end de først troede.
Som sygdommen spreder sig pa øen, gør ogsa konflikterne, og spændingerne mellem øens kristne og muslimske befolkningsgrupper tager til og tegner skarpe linjer mellem dem, der støtter karantænen, og dem, der benægter selve sygdommens eksistens. Snart vil verdens øjne vende sig mod denne smukke ø, hvor fremtiden for det allerede vaklende osmanniske imperium star pa spil.
Pestnætter er en vildtvoksende fortælling om lidenskab, frygt, magt og national identitet fra en af vor tids største historiefortællere. Det er en roman om en pandemis hærgen og dens fatale konsekvenser for bade menneskeskæbner og magtbalancen mellem verdens kontinenter.