Efter att framgangsrikt ha lyckats förstöra det globala vapenföretaget VT Industries i Norrlands djupa skogar och därefter precis undkommit Edward Kellers efterföljande hämndaktion, lever nu Yuri och de andra ungdomarna separerade fran varandra med de hotfulla skuggorna fran deras förflutna, ständigt hängande över sig. Samtidigt anlitas ytterligare ett nytt hot i form av specialförbandsoperatören Josef Claesson som far i uppdrag att i hemlighet jaga rätt pa kvarlevorna fran det förfallna VT Industries och de förädlade ungdomarna och lämna över dem till en topphemlig, nyupprättad avdelning inom den svenska Försvarsmakten. När dessa sedan attackeras av Kellers nya, fruktade soldater ännu en gang, inser de att han är tillbaka för att avsluta det som han pabörjade för flera ar sedan och ämnar nu att slutföra sin plan med kodordet Skymningsprotokollet. Lyckas Keller med sin plan, kommer världen aldrig mer att bli sig lik igen, om inte Yuri och de andra stoppar honom en gang för alla. Skymningsprotokollet är den andra delen i bokserien Valkyria Arkiven.