"Sænk Skibene!" Sadan lød viceadmiral Aa.H. Vedels ordre, da han den 29. august 1943 fik besked om, at tyske tropper var i færd med at trænge ind pa fladens hovedbase pa Holmen. Hermed ophørte tre ars samarbejde med besættelsesmagten, hvor Søværnet pa regeringens ordre blandt andet havde mattet foretage minestrygning i de danske farvande.
Vedels ordre satte gang i en lang række dramatiske begivenheder pa Holmen og rundtom i danske havne, hvor det i morgengryet lykkedes Søværnets personel at sprænge eller pa anden made ødelægge hovedparten af fladens skibe. Aktionen omfattede stort set alle fladens ansatte, og syv danskere betalte denne dag den højeste pris for deres indsats for Danmark og Søværnet.
Marinehistoriker Søren Nørby beskriver Søværnets historie fra "skammens dag" den 9. april 1940 og frem til den dramatiske augustmorgen i 1943, hvor fladen sænkede sig selv. Han giver her ordet til en lang række af de personer, der spillede en rolle i en aktion, som var med til at sikre, at Danmark efter krigen blev talt mellem Tysklands fjender.
Sænk skibene! indeholder over 120 fotos og illustrationer fra begivenhederne, hvoraf en del ikke tidligere har været offentliggjort.