Una vez terminada su tarea con Melissa, Squeeky deberá regresar al laboratorio del Dr. Montgomery para cumplir con su verdadera y más importante misión en la vida. Al emprender su camino de regreso, Squeeky conocerá a Rocco, un ratoncito común y corriente que le enseñará como sobrevivir en el mundo de las alcantarillas, y a Kiara, una linda ratoncita que le hará sentir nuevas emociones. Ambos lo acompañarán en esta larga y peligrosa travesía de regreso al laboratorio.