Under 1600-talet utvecklades Sverige till en militar stormakt samtidigt som internationella kontakter och handelsutbyte vitaliserades. I stormaktens mitt, omgardat av tusentals svarnavigerade oar, skar och lomska undervattensgrynnor lag Stockholm. Harifran administrerades landets moderniserade och effektiviserade forvaltning av skatter och tullar for de skepp som utgjorde kontakterna med utlandet. Farlederna genom skargarden kantades av en brokig och standigt foranderlig bebyggelse som till storsta delen bestod av skepp.
Sparen efter segelfartygen forsvann fran havsytan sa snart kolvattnet lagt sig, och Stockholms skargard framstar idag i det narmaste som ett orort naturlandskap. I Stormaktsskargard berattar arkeologen Niklas Eriksson hur staten omformade farlederna och skapade forutsattningar for handelssjofarten att rora sig bland skaren. Eriksson skildrar en landskaps historia i granslandet mellan stormakten och det oppna havet, berattad utifran reseskildringar, kartor, fornlamningar, bilder, skeppsvrak och annat kallmaterial.