To brødre vokser op i artierne efter 2. Verdenskrig. Deres far har været leder af modstandsbevægelsen i Frederikshavn og har mattet foretage nogle valg, der forfølger ham, og som han ikke kan tale om.
Poul har passet pa sin mor, mens faren var under jorden, og føler stadig et stort ansvar for hende og sin forsigtige lillebror, Jens. Men som 15-arig far han nok og stikker til søs, og den 12-arige Jens er nu alene pa hjemmefronten, da faren pludselig forsvinder og efterlader ham og moren husvilde og alene i et lant sommerhus.
Vi er brødre er en familiefortælling om fædre og sønner, om det ambivalente forhold mellem den følsomme drømmer Jens og den vrede aktivist Poul, om deres splittelse og længsel efter at gøre en forskel i en verden under hastig forandring