Korfu, 1944: Femarige Matilde og Anne pa tre er lykkeligt uvidende om, at de har kysset deres mor farvel for sidste gang. Nazisterne har indtaget deres idylliske hjem og de føres i sikkerhed pa klippeøens nordøstlige spids, hvor den godhjertede Agata og hendes mand vil holde dem skjult, indtil den grufulde krig er ovre.
Korfu, 2006: Under den bagende junisol ankommer Amber og hendes mand til Korfu i hab om en frisk start. Amber hun fascineres af den lokale fortælling om to sma piger, der blev efterladt af deres egne forældre og skjult af venlige sjæle. Men der er nogen, der helst vil undga, at Amber graver sig dybere ned i historien. Kan Amber afsløre den hjerteskærende sandhed om, hvad der skete, da en tysk soldat tog en svømmetur i bugten foran børnenes skjulested? Øen i flammer er en hjerteskærende fortælling om skyggesiderne af det solbeskinnede Korfu og overlevelse mod alle odds.