Comme tous les prétendants d' Hélène, il partit en guerre contre Troie, muni de ses précieuses flèches empoisonnées. Lorsque les Grecs firent escale dans l'île de Tenedos, il fut mordu par un serpent, ou, suivant d'autres traditions, blessé par le fer d'une de ses flèches. La plaie qui en résulta ne guérit point. Elle répandait une odeur si fétide que les Grecs, incommodés, se virent contraints d'abandonner Philoctète sur l'île de Tenedos. Il y resta dix ans, souffrant sans cesse de sa blessure et de la solitude.