Pocas revoluciones emancipadoras tienen a tantos héroes verdaderos entre sus cabecillas y, al mismo tiempo, tantas incongruencias como la guerra por la Independencia de México.
Entre los episodios más estremecedores de aquella guerra, se encuentra el siguiente:
Morelos y los demás sobrevivientes del combate de Lomas de Santa María habían conseguido refugiarse en la hacienda de Puruarán, a bastantes kilómetros de Valladolid, pero no tardaron en ser atacados de nuevo por los realistas. El 5 de enero de 1814, las tropas al mando de Ciriaco del Llano consiguieron poner de nuevo en fuga a los rebeldes. En esa ocasión Mariano Matamoros fue apresado y luego fue llevado a la cárcel clerical de la Inquisición en Valladolid.
Morelos se instaló en Coyuca y desde esta población hizo esfuerzos por liberar a su lugarteniente, incluso quiso negociar con los realistas: respetaría la vida a 200 prisioneros españoles si liberaban a Matamoros. Las negociaciones no tuvieron éxito y el segundo al mando del cura Morelos fue fusilado el 3 de febrero de 1814.
Morelos nombró como su mano derecha a su secretario personal, Juan Nepomuceno Rosáins, y ordenó a Guadalupe Victoria marchar a Veracruz para continuar la lucha libertaria. El joven combatiente, tras recibir del generalísimo el grado de capitán general, partió a cumplir con su cometido.
Pero pronto Morelos sería capturado. Su fortuna estaba en declive y no se veía el modo de recuperarse. El Congreso, que tuvo que salir de Chilpancingo al ser atacada esta población por las tropas realistas, pensó en enviar un emisario a los Estados Unidos para pedir ayuda, considerando que este país no podía negarse a ello puesto que vivía bajo un régimen liberal, como el que quería implantarse en México, pero no habría respuesta positiva, dado que el gobierno norteamericano sí aceptaba la esclavitud, la cual quería abolirse en México por parte de los congresistas de Anáhuac.
Desde Tlacotepec, donde se mantuvo hasta fines de febrero de 1814, mientras el largo brazo del poder virreinal no lo alcanzó, el Congreso se trasladó a Michoacán y luego se fue a Acapulco, para volver a Michoacán poco después. Pero Morelos ya no era el jefe de los rebeldes, sino que, culpado de la mala situación en que se hallaba el bando insurgente, había quedado en calidad de generalísimo sin mando de tropas. Quienes las dirigían eran ahora Ignacio López Rayón, José María Cos y Juan Nepomuceno Rosáins. Las divisiones internas hicieron que los tres fueran vencidos por los realistas.
A partir de marzo se dieron varias deserciones en el bando rebelde, debido a que muchos hombres estaban cansados de la lucha y de las malas decisiones de sus dirigentes, más interesados por su prestigio personal que por servir a la causa. Entonces aprovecharon la amnistía que les ofreció Fernando VII, reinstalado como rey de España el 24 de marzo de 1814. Otro efecto demoledor para la insurgencia fue que gran cantidad soldados españoles que habían contribuido a vencer al ejército invasor de Napoleón, llegaron a México como refuerzo de las tropas que comandaba Calleja. Éste no tardó en enterarse de que el rey español había derogado la Constitución liberal de Cádiz y entonces se empeñó en hacer sentir su papel de vasallos a los novohispanos. Además, desde el principio de su mandato había luchado contra la libertad de prensa, sobre todo porque abundaban las publicaciones que apoyaban a los insurgentes o que incluso eran hechas por ellos, como Juguetillos, editada por Carlos María de Bustamante, quien también se encargó del periódico Correo Americano del Sur. Además estaban en circulación El Pensador Mexicano, El Semanario Patriótico Americano y El Vindicador del Clero Mexicano, entre otros.
A fines de junio murió Hermenegildo Galeana defendiendo su tierra natal, Tecpan. Aquella pérdida acarreó una sensación de profundo desamparo a Morelos.